استفاده از آنتی‌بیوتیک‌ها باعث کشته شدن تعداد زیادی از میکروب‌های مفید در بدن می‌شوند که بعضی از آنها نقش مهمی در هضم غذا و پیشگیری از اضافه وزن دارند و بعضی دیگر از این باکتری‌ها حتی در کنترل هورمون اشتها به نام «گرلین» هم موثر هستند. افزایش این هورمون باعث ظهور حس گرسنگی در انسان شده و کاهش آن احساس سیری به انسان می‌دهد. دقیقا به همین دلیل است که بعضی از زنان بعد از مصرف آنتی‌بیوتیک برای درمان جوش‌های خود دچار اضافه وزن می‌شوند. زیرا باکتری‌های مفید آنها از بین رفته است. از دیگر وظایف این نوع میکروب‌ها محافظت از بدن در برابر مواد آلرژی‌زا مانند گرده‌های گیاهان، گرد و خاک خانه، شیر و تخم مرغ است. استفاده بیش از اندازه و بی‌مورد از آنتی‌بیوتیک‌ها در مورد کودکان خطرات بیشتری دارد و در آینده آنها را در برابر دسته گسترده‌ای از بیماری‌ها   آسیب‌پذیر می‌کند.